《暗殺教室》美女殺手入校當英語老師，給女生講自己戀愛經過，漫改科幻喜劇片
在全國都享有極高聲譽的名門學府椚椚丘中學，是所有父母以及渴望走上人生康莊大道的學生們人生晉級的威嚴殿堂。 而由精英中的精英所組成的3年A班，他們君臨學校的制高點，傲視群雄。 與之形成鮮明對比的是，椚椚丘內存在著一個被稱為“END之E班”的3年E班，他們被安排在遠離本校豪華教學樓的山丘上的木制舊校舍中，這裡聚集著各種各樣令老師、父母頭疼的問題學生。 為了刺激絕大多數精英的奮發進取之心，E班的諸位遭受了學校自上而下的嚴重的差別對待，他們被當做墮落失敗的典型飽受奚落和嘲諷，在腐敗的泥坑中默然沉淪。 如果不是那位詭異老師的到來，也許他們的人生將不會發生任何改變。
新學期伊始，一群神秘之人簇擁著一個怪物湧進3年E班的教室。 來自日本防務省特種部隊的精英烏間惟臣（椎名桔平飾）為一臉錯訛的學生們擔任講解工作。 原來眼前那個擁有黃色巨大頭顱和細長柔軟觸角的怪物正是不久前將月亮炸掉七成的罪魁禍首，他不僅將月亮永遠變成一彎新月，更揚言要在1年零3個月後摧毀地球。 為了封锁他的可怕計畫，世界各國首腦共商對策，他們使用各種辦法試圖殺掉怪物，然而怪物不僅擁有敏銳的嗅覺，更具有高達20馬赫的超快速度，可以從容躲避來自各方的攻擊。
似乎是曾經和某人做過約定，怪物答應擔任3年E班的班主任。 為此防務省决定將舊校舍作為暗殺基地，而3年E班的諸位在毫無準備的情况下成為了肩負地球命運的暗殺者。 學生們為怪物起名殺老師（二宮和也配音），在高達100億日元賞金的誘惑下，他們用防務省特製的子彈和刀具向殺老師發起連番進攻，卻均被殺老師巧妙地一一化解。 而總在記錄殺老師各種弱點的潮田渚（山田凉介飾）、被諷為“永遠的0”的貧乳女茅野楓（山本舞香飾）、智商超高的超級不良少年赤羽業（菅田將暉飾）、總愛鼓搗各種毒藥的理科女奧田愛美（上原實矩飾）、內心强烈反抗父母強勢安排的乖乖女神崎有希子（優希美青飾）、 英語頂尖的前天才少女中村莉櫻（竹富聖花飾）等學生，他們自身被埋沒或者被嘲笑的優點似乎又被殺老師耐心地挖掘出來。
與此同時為了促進暗殺的進行，美色和暗殺科技雙絕的英語老師伊莉娜·耶拉比琪老師（薑智英飾）、被同學稱作小律的人工智慧戰鬥機器“自律思考固定炮臺”（橋本環奈飾）、 對烏間充滿嫉妒和仇視的防衛省特務部門教官鷹岡明（高島政伸飾）以及暗殺實力遠遠淩駕於小律之上的神秘轉學生堀部系成（加藤清史郎飾）相繼被送入3年E班的教室。
教師與學生，刺殺目標和暗殺者，充滿衝突的羈絆在接二連三、緊張刺激的暗殺行動中逐漸加深。
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